ברגותי התלונן על תנאי הכלא: "הוכה, הושפל ונגרר עירום"
ברגותי, בכיר פת"ח הכלוא בישראל, עתר לבית המשפט המחוזי מרכז בדרישה להוציא אותו מאגף ההפרדה, והתלונן על כך שסוהרים - כמו גם מנהל הכלא - הכו אותו. לדבריו, כשהועבר לכלא "רימונים" - הושם באגף ההפרדה: "בארבעת הימים הראשונים לשהותו בהפרדה נאלץ לישון על הרצפה. הכאה, השפלה, איומים, הרעבה וחשיפה לקור אסורים בתכלית האיסור"
המחבל מרואן ברגותי, בכיר פת"ח הכלוא בישראל, עתר לבית המשפט המחוזי מרכז בדרישה להוציא אותו מאגף ההפרדה, והתלונן על כך שסוהרים - כמו גם מנהל הכלא - הכו אותו. "במהלך שהותו בכלא איילון", נכתב בעתירה על-ידי עו"ד אביגדור פלדמן, "הוכה ברגותי נמרצות באופן תדיר על-ידי סוהרים כשהוא אזוק. הוא הושפל, קולל ונגרר עירום על הרצפה וזאת, בין השאר, בנוכחותם של אסירים אחרים".
עוד נאמר כי הוא הועבר לאגף ההפרדה בכלא "רימונים", שם "השתנו לרעה תנאיו": "ראשית, חלונות התא נאטמו מבפנים ומבחוץ, כך שמקור האוורור היחיד בתא הינו החריץ שבתחתית הדלת נטולת האשנב. שנית, ברוב הזמן החדר מוחשך באופן המקשה אפילו על הליכה לשירותים. שלישית, העותר לא קיבל בגדים להחלפה. רביעית, תזונתו של העותר כוללת שלוש פרוסות לחם קטנות וקופסת יוגורט קטנטנה המחולקות פעמיים ביום ,ובנוסף שתי כפות שעועית ושלוש כפות אורז לארוחת צהריים. חמישית, בחדרו של העותר נערכים שלושה חיפושים ביום. החיפושים נערכים כשהעותר עירום ואזוק וזאת חרף העובדה כי החדר נטול חפצים כלשהם".
"יתר על כן", טען עו"ד פלדמן בשמו של ברגותי, "בארבעת הימים הראשונים לשהותו בהפרדה נאלץ לישון על הרצפה. הכאתו של אסיר, השפלתו, איומים על חייו, גופו ובריאותו, הרעבתו, חשיפתו לקור, כל אלו אסורים בתכלית האיסור. האסיר נמצא בחסותו של שב"ס, וחסות זו מחייבת דאגה לשלומו, בריאותו ונפשו. אם עבר האסיר עבירה כלשהו - קובעים כללי שב"ס הליכים ברורים המחייבים הגשת תלונה נגד האסיר, העמדתו לדין משמעתי ואם יימצא אשם יוטלו עליו העיצומים הקבועים בתקנות שב"ס כגון בידוד, מניעת ביקורים, קנס וכו'".
"כללי שב"ס אינם מתירים עונשי גוף מכאיבים, הרעבה או חשיפה לקור", נכתב. "זכויותיו של העותר כאדם וכאסיר קבועות ואינן ניתנות לפשרה ונקמה אינה עילה להפרתן. העותר מצוי בידי המשיבה והאחריות לשלומו ולהגנתו נתונה כולה בידיה".