פרקליטות מחוז ירושלים (פלילי) מטפלת במגוון התחומים הפליליים המאפיינים את כל פרקליטויות המחוז ובכלל זה עבירות פשיעה חמורה (רצח, אונס, שוד, סחר בסמים, עבירות ביטחוניות ועוד) עבירות מס, עבירות רשלנות, הונאה ושחיתות שלטונית. כמו כן עוסקת הפרקליטות בנושאים המאפיינים את מחוז ירושלים, בהם אירועי פשיעה הנובעים ממיקומה של ירושלים על קו התפר בצירי כניסתם של שוהים בלתי חוקיים לישראל ומהיות ירושלים עיר המשלבת בתוכה את שלוש הדתות, טיפול בעבירות הנוגעות לירושלים כמקום מושבם של מוסדות השלטון.